Para poder desplegar tus servicos de .net core en IIS necesitas el instalador .NET Core Hosting Bundle el cual prepara IIS para .net core.
Puedes descargarlo en el siguiente link:
Current .NET Core Hosting Bundle installer (direct download)arrow-up-right Una vez instalado reinicia el IIS, ya sea de forma manual desde al administración de IIS o con el siguiente comando en la línea de comandos.
net stop was /y net start w3svc
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